Ředitel výzkumného sektoru: prof. RNDr. Ing. Michal V. Marek, DrSc., dr. h. c.
Kancelář ředitele: Mgr. Jana Halfarová
I. Sekce klimatických analýz a modelování
- Oddělení analýzy proměnlivosti změn klimatu
- Oddělení klimatických služeb
- Oddělení dopadů změny klimatu na agrosystémy
- Oddělení atmosférických toků a dálkového transportu látek
II. Sekce ekosystémových analýz
- Oddělení toků látek a energie
- Oddělení dálkového průzkumu Země
- Oddělení výzkumu biodiverzity
- Oddělení biogeochemických a hydrologických cyklů
III. Sekce environmentálních účinků na terestrické ekosystémy
- Laboratoř ekologické fyziologie rostlin
- Laboratoř metabolomiky a izotopových analýz
- Oddělení xylogeneze a tvorby biomasy
- Oddělení ekosystémové výměny stopových plynů
